Funkcia Apple Time Machine je plnohodnotný zálohovací program, ktorý bude udržiavať hodinové zálohy za posledný deň, každodenné zálohovanie za posledný týždeň a týždenné zálohovanie tak dlho, ako je miesto v jednotke na ich ukladanie, a využíva funkciu nazvanú "ťažké prepojenie" na zdieľanie nezmenených údajov z predchádzajúcich záložných súborov s novými súbormi skopírovanými do záloh. Táto rutina by mala zabezpečiť, že aj pri relatívne malom zálohovacom disku (minimálne veľkosť kolektívnych dát, ktoré zálohujete), budete mať dostatok bodov obnovenia systému a prístup k predchádzajúcim verziám súborov. Týmto spôsobom Time Machine môže v priebehu času udržiavať rozsiahle snímky vášho systému.

Zálohovanie veľkých súborov údajov však znižuje počet záloh, ktoré môže mať menšia jednotka, takže ak chcete mať k dispozícii viac záloh Time Machine, nechcete zálohovať veľké a nepotrebné súbory, napríklad kópiu filmy, ktoré už nechcete pozerať.

Inými príkladmi takýchto súborov môže byť obraz virtuálneho stroja pre programy ako VMWare Fusion alebo Parallels Desktop, ktoré môžu byť niekedy veľa veľkostí gigabytov alebo veľké súbory na prevzatie, ktoré ste mohli odstrániť, ale ktoré boli zálohované. (Ak chcete ušetriť miesto na jednotke Time Machine, odporúčame vyradiť z priečinka zálohovania Time Machine priečinok Downloads vo vašom domovskom adresári.)

Dokonca aj keď vylúčite súbor z Time Machine, pred jeho zálohovaním zostane, až kým sa nové nevypnú z jednotky Time Machine.

Namiesto ručného odstránenia súboru z každej zálohy môžete okamžite odstrániť všetky inštancie z Time Machine, ak chcete. Za týmto účelom jednoducho prejdite na umiestnenie súboru a vyvolajte rozhranie Time Machine (vykonané v ponuke Time Machine). Keď sa zobrazí pohľad hviezdneho poľa na nástroj Time Machine, nájdite súbor v najprednejšom okne, kliknite pravým tlačidlom naň a vyberte možnosť "Odstrániť všetky zálohy súboru [názov súboru]" a potvrďte akciu.